Можно ли статью «Суммарные издержки, отнесенные на прибыль» считать «использованием прибыли» и если да, то почему в расчете «налогооблагаемой прибыли» (форма П-У) данная статья прибавляется?

Покрытие издержек не является «использованием прибыли». В силу этого издержки не прибавляются, а происходит корректировка налогооблагаемой базы по налогу на прибыль. Это вызвано тем, что данные издержки в отчете о прибылях и убытках отражаются дважды (программа уменьшает прибыль до выплаты налога на общую сумму издержек, а затем проводит корректировку налогооблагаемой прибыли на сумму издержек, которые выплачиваются из прибыли).